Спектакль рассказывает о чайке, учившейся жизни и искусству полёта, но, столкнувшись с негативной реакцией Стаи, превращается в изгоя и до конца жизни остаётся изгнанником. Он не перестаёт тренироваться, доводит искусство полёта до совершенства и оказывается на Небесах, где находит таких же чаек, как он. Здесь все идут по пути самосовершенствования, и именно на Небесах чайка Джонатан осознаёт все доступные ему возможности. Но он не может остаться, чувствует, что обычным чайкам нужно подняться выше. Он возвращается на землю и помогает другим изгоям почувствовать уверенность в себе.